Este artículo presenta una revisión acerca del uso de bioindicadores para la evaluación de la calidad del agua en ríos. El objetivo es presentar investigaciones relacionadas con el biomonitoreo y el uso de distintos organismos como indicadores biológicos. Se incluyen casos de estudio de perifiton, macrófitas, macroinvertebrados bénticos y peces en distintos países. Adicionalmente se brinda una introducción al uso de distintos índices bióticos, de diversidad, biológicos (BMWP) y enfoques multivariados y funcionales. Para finalmente mostrar la aplicación de estos sistemas de monitoreo y análisis en ríos tropicales de alta montaña.